1、經(jīng)濟性方面
（1）對于別的生物安全實驗室，由于其造價昂貴，不宜盲目。在立項建造生物安全實驗室前，首先應對實驗室的主要用途，基本的性能指標，以及建造實驗室的目的等有透徹的了解。要根據(jù)試驗對象的危害性確定生物安全實驗室的等級，不能盲目的追求高等級，因為級別越高，建造和運行費用也越高。
（2）平衡初次投資和運行費用之間的關(guān)系，不能只追求很低的初投資，選擇廉價的設(shè)備或簡易的系統(tǒng)形式，而忽略了運行費用，避免出現(xiàn)建得起而用不起的尷尬情況。設(shè)計時要進行壽命周期費用（life cycle costing）分析方法，經(jīng)技術(shù)經(jīng)濟分析后選擇合理、經(jīng)濟的設(shè)計方案。
2、慎重選擇設(shè)計和施工單位
用戶應當選擇曾經(jīng)設(shè)計或建造過別生物安全實驗室并且具有相關(guān)資質(zhì)的企業(yè)。特別應該強調(diào)的是，生物安全實驗室的空氣凈化和負壓控制系統(tǒng)比一般的采暖通風空調(diào)系統(tǒng)要重要得多，必須進行詳細的設(shè)計計算。
3、平面布局的問題
過于繁瑣的平面布局，只能增加使用中的不便，并不能真正起多少實際作用；照搬國外簡單的實驗室布局，也不符合中國的環(huán)境特點和管理水平。一些實際工程由于平面布局不合理，增加了初投資和管理難度，有的影響了實驗室內(nèi)的空氣潔凈度。因此，一個完善合理的布局非常重要，這就要求業(yè)主和設(shè)計方要有對生物安全的充分理解以及相互之間的充分溝通。
4、空調(diào)通風系統(tǒng)
（1）某些設(shè)計人員對生物安全的概念不清楚，造成生物安全實驗室內(nèi)氣流組織不合理，死角過大。生物安全實驗室要求氣流必須從清潔區(qū)流向污染區(qū)，室內(nèi)送風口和排風口的位置應使氣流停滯的空間降到小，并且室內(nèi)排風口應設(shè)置在危險區(qū)域，單側(cè)布置，不得有障礙。有的工程送風口對著生物安全柜吹，送風氣流和生物安全柜工作窗口的保護氣流互相干擾，加重了致病因子的泄露。
（2）密閉性能差，包括實驗室圍護結(jié)構(gòu)的密封性和空調(diào)通風管道的密封性。圍護結(jié)構(gòu)的密封性差主要是在門窗部位，也有些隔墻的連接處密封性差；空調(diào)通風管道的制作過程不符合要求，密封材料不合格。這些都違背了高度生物安全實驗室要求密封性好的基本原則。
（3）排風系統(tǒng)的過濾器安裝位置不合理，把過濾器安裝在排風機的正壓端，不能滿足污染的排風段必須負壓的要求。
（4）排風系統(tǒng)不加過濾器，而是采用高空排放，這也是不允許的。有些設(shè)計或施工單位對高速排放的理解也有問題，認為高速排放就是排風管中的風速要超過13米/秒，結(jié)果排風阻力大，達不到要求的排風量，室內(nèi)很難保持要求的負壓?；蛘吲棚L機壓頭加大，噪音和電耗也同時加大。有些工程已經(jīng)由于排風噪聲超標與周圍居民引起矛盾。
（5）過濾器的更換和檢漏問題，特別是排風過濾器。排風過濾器更換前必須首先消毒滅菌，設(shè)計和安裝時必須考慮消毒問題，同時便于更換。為了確保環(huán)境安全，排風過濾器也應考慮檢漏的可能性，或采取其他確保不泄露的措施。我國很多P3實驗室沒有做到這一點。
（6）室內(nèi)安裝分體空調(diào)或立柜式空調(diào)器，這在生物類潔凈室中是不允許的，因為空調(diào)器中的換熱器事實上是一個微生物孳生裝置，嚴重污染實驗室環(huán)境。有些施工單位雖然不把分體空調(diào)或立柜式空調(diào)器安裝在實驗室內(nèi)，而是安裝在鄰近房間，用風管進行送風。但由于別生物安全實驗室必須采用直流風，而普通空調(diào)的換熱器是按室內(nèi)循環(huán)風設(shè)計，達不到直流風要求的大焓差，再加上為了降低造價，設(shè)備容量沒有富裕，根本達不到要求的室內(nèi)溫度。在別生物安全實驗室做實驗需要穿特制的防護服，有時需要穿多層，如果溫度達不到要求，實驗人員的感受會可想而知。
5、設(shè)備備用問題
（1）沒有設(shè)置備用電源。如三級生物安全實驗室要求雙路獨立供電，或采用備用發(fā)電機組，而四級生物安全試驗室要求有第三備用電源。條件不具備時需要另設(shè)不間斷電源，不間斷電源的供電能力要求不少于45分鐘。有的三級生物安全試驗室僅采用普通市政供電，沒有任何備用措施，顯然不滿足要求。
（2）排風機的備用問題。為了保證實驗室內(nèi)在任何情況下都保持負壓，三級、四級生物安全實驗室的排風系統(tǒng)要求應設(shè)置備用排風機，但很多工程沒有設(shè)置。更有甚者排風系統(tǒng)沒有備用風機，但送風設(shè)置了備用風機。
6、系統(tǒng)的調(diào)節(jié)和控制功能
系統(tǒng)的調(diào)節(jié)和控制功能。為了嚴格保證實驗室內(nèi)各個區(qū)域內(nèi)的壓差和壓力梯度，送風和排風系統(tǒng)上應安裝必要的風量調(diào)節(jié)裝置，而不能用普通調(diào)節(jié)閥代替。有些工程生物安全柜和房間的排風沒有經(jīng)過嚴格的設(shè)計計算，在系統(tǒng)調(diào)試時不能滿足設(shè)計要求的壓力梯度，或壓力梯度不穩(wěn)定。沒有完善的自控系統(tǒng)，缺少應對突發(fā)事件的能力，也是目前已竣工實驗室的一個主要問題。雖然竣工驗收時各區(qū)域的壓力梯度可以調(diào)整到滿足要求，但在實際運行過程中，由于過濾器阻力變化，缺乏專業(yè)運行管理人員等原因，沒有自控系統(tǒng)的實驗室不能確保壓力梯度。因此必須重視生物安全實驗室的自控系統(tǒng)。
7、要重視工程檢測
生物安全實驗室竣工后，首先應經(jīng)過國家授權(quán)的檢測機構(gòu)的檢測，這是很重要的一個環(huán)節(jié)。檢測的內(nèi)容應包括實驗室的嚴密程度、各個房間之間的負壓值、空氣氣流流向、過濾器檢漏、潔凈度級別、自控系統(tǒng)等多個方面。
8、其他注意事項
嚴禁把生物安全實驗室建成正壓實驗室，應按規(guī)定安裝防火閥，嚴禁用凈化工作臺來代替生物安全柜，嚴禁用安全柜的排風代替房間排風等。普通凈化工作臺與生物安全柜工作原理和用途*不同，根本無法保護人體免受微生物感染，這是十分危險的。